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L'île de Samos était initialement rattachée à la côte d'Asie Mineure, mais a été séparée du continent suite à d'énormes bouleversements géologiques. Selon le mythe, c'est le lieu de naissance de la déesse Héra, alors qu'en réalité c'est aussi le lieu de naissance du philosophe et mathématicien grec Pythagore. L'île a été colonisée par les Ioniens vers le premier millénaire avant JC, tandis que les Cariens et les Pélasges l'habitaient également. Samos connut sa plus grande gloire au VIème siècle avant JC. Par la suite, les Perses la dominèrent pendant les guerres médiques, mais devinrent plus tard membre de la Confédération athénienne.

L'île abrite les sites communs du patrimoine mondial de l'UNESCO de l'Héraion de Samos et du Pythagoreion, qui ont été inscrits sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO en 1992.